ในขณะที่ศาสตราจารย์สุทธิพันธ์ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ สกสว. อยู่นั้น ได้เป็นผู้ทำหน้าที่ชี้แจงงบประมาณด้านวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม ประจำปี 2563 ของกองทุนส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (กองทุน ววน.) เป็นครั้งแรก โดยในชั้นการพิจารณางบประมาณรายจ่ายประจำปี พ.ศ. 2563 ของกรรมาธิการวิสามัญสภาผู้แทนราษฎรได้เกิดเหตุการณ์ปรับลดงบประมาณลง 8,000 ล้านบาท จนก่อให้เกิดการวิพากษ์วิจารณ์เป็นวงกว้าง และภายหลังจากการยื่นอุทธรณ์จึงได้รับการพิจารณาใหม่ให้ได้รับงบประมาณเต็มจำนวน[4] [5]